Abstracts

Etude par séquençage de la région NS5b des souches du VHC infectant les patients hémodialysés Tunisiens

F. Houissa-Kchouk, I. Sfar, H. Aouadi, S. Jendoubi-Ayed, T. Ben Abdallah, K. Ayed, Y. Gorgi

Le virus de l'hépatite C (VHC) montre une importante variabilité génétique. Cette variabilité est liée aux taux élevé des erreurs de l'ARN polymérase au cours de la réplication à l'origine de diverses mutations. L'importance de cette variabilité est distribuée sur l'ensemble du génome. Plusieurs méthodes permettent le génotypage du VHC mais certaines sont plus performantes que d'autres. Actuellement la méthode de référence pour le typage et le sous typage du VHC est basée sur le séquençage de la région NS5b suivi d'une analyse phylogénétique. Dans notre étude, parmi les 174 sérums de patients hémodialysés infectés par le VHC et génotypés par InnoLipa, seulement 74 échantillons ont été séquencés dans la région NS5b, afin d'identifier les sous types des différentes souches isolées. La recherche des homologies de séquences avec la base de donnée « HCV los alamos » et l'analyse phylogénétique avec des souches de références ont révélé une prédominance du génotype 1b (85.15%) suivi du génotype 4 (13.5%) et le génotype 2i (1.35%). Toutes les souches du génotype 4 ont pu être sous typées en 4k (90%) et 4a (10%). En effet, le 4k est majoritaire et observé surtout dans les centres d'hémodialyse de la région de Tunis alors qu'il est totalement absent dans les centres d'hémodialyse de la région du sud où règne le génotype 1b. Quelque soit le type 1b ou 4, la construction de l'arbre phylogénétique de la région NS5b du VHC a permis d'identifier, d'une part, l'existence de différentes souches dans les mêmes centres et d'autre part, la présence de clusters composés d'isolats issus du même centre avec des valeurs de bootstrap élevées. Ces isolats appartiendraient très probablement à la même souche suggérant un mode de transmission nosocomiale intra-centre. Cette hypothèse mérite d'être confirmée par l'étude de l'histoire clinique de l'infection chez ces patients hémodialysés et le séquençage de la région hypervariable (E2 (HVR1) et son environnement).
Accueil       Webmaster       Contact © Copyright 2010 - 2022 STI